Myli się ten, kto uważa inwazję UFO za główny temat filmu „Znaki”. To raczej obraz psychologicznej i duchowej walki, która toczy się w samych bohaterach. Brak zatem epatowania scenami walki z dziwnymi kreaturami, jak w „Dniu Niepodległości” i „Marsjanie atakują”, nie ma cudacznych broni i laserów, prawie żadnych efektów specjalnych, nawet sami kosmici pojawiają się sporadycznie.
M. Night Shyamalan – reżyser i scenarzysta w jednej osobie – skoncentrował się na przedstawieniu tematyki zła. Oto byłego duchownego, Grahama Hessa (Mel Gibson, współproducent) i jego rodzinę dotykają dziwne zjawiska. Najpierw pojawiają się tajemnicze znaki na polu, dochodzi do niewytłumaczalnych komplikacji, a w końcu przybywają sami obcy w aurze nienawiści do człowieka. Rozpoczyna się apokaliptyczna inwazja UFO na ziemię, ale ten wątek pozostaje w tle pełniąc role ledwie drugorzędną. Reżyser kieruje uwagę widza na relacje rodzinne Hessa z dziećmi i jego bratem Merillem (Joaquin Phoenix), na jego osobiste problemy, jak nieumiejętność pogodzenia się ze śmiercią żony, zanik więzi emocjonalnych i samej wiary bohatera.
Wobec niebezpieczeństwa rodzina zaczyna odnajdywać to, co rzeczywiście ważne. Okazuje się, że w życiu nic się nie dzieje przypadkowo, a z każdego zła Bóg wyprowadza dobro. Astma chłopca zapobiega otruciu go przez kosmiczną kreaturę. Córka ma natręctwo rozstawiania po pokojach szklanek z wodą, a tej, jak się okazuje, kosmici unikają jak ognia. Przedśmiertne proroctwo żony pomaga wyjść bohaterom z opresji. Takich znaków – dowodów nieprzypadkowości – pojawia się w filmie jeszcze bardzo wiele.
Uważna analiza filmu odsłania pewne misterne aluzje – odniesienia do prawd wiary i Tradycji Kościoła. Reżyser posłużył się UFO jako przenośnią, pod którą kryje się zło osobowe, diabeł. Sposób działania przybyszów z kosmosu nasuwa na myśl typowe opresje demoniczne – szmery, tajemnicze hałasy, umiejętność szybkiego przemieszczania się itp. UFO jak szatan – ma charakter osobowy, zionie do ludzi nienawiścią i stanowi realne zagrożenie. Metodą obrony jest woda, która parzy nieproszonych gości – aluzja do wody święconej jest oczywista. Obroną jest też wiara w Opatrzność Bożą, którą ojciec Hess w końcu odzyskuje. A wraz z nawróceniem idzie w parze trud wybaczenia sąsiadowi, nieumyślnemu sprawcy śmierci jego żony.